Unityではいろいろな形式の3Dモデルファイルに対応していて、そのほとんどが ドラッグ＆ドロップ のみでインポートできます。
ソフトウェアに依存するファイル形式
.mb .ma
MayaというAutodesk製の3Dモデリングソフトで使われています。
拡張子は .mb (バイナリ形式) か .ma (テキスト形式) と分かれています。 Unityはどちらも対応しているので、拡張子はどちらでも問題ありません。
.blend
Blender はBlender Foundation が作っているフリーの3Dモデリングソフトです。
https://www.blender.org/ - 本家サイト
https://blender.jp/ - 日本語サイト
拡張子は .blend です。
.3ds .max
AutoDeskの3DS Max というソフトウェアで使用されます。
.c4d
CINEMA 4D というソフトウェアで使用されている形式です。
.skp
SketchUp 用のファイルフォーマット
ソフトウェアに依存しないファイル形式
.fbx
Autodeskが権利を所持しているファイル形式です。 他形式からの変換ソフトウェアをAutodeskが提供しているので、いろいろなソフトから書き出すことができる便利な形式です。
.obj
Wavefront OBJ形式。こちらも広く使用されている形式です。 注意する点は ボーンやアニメーションを含めることができない こと！ 人物モデルなどには向いていません。 インテリア小物などに使用しましょう。
.dae
ソニーが定義したXMLベースの3Dモデルフォーマットらしいです。
番外：MMD
MMDはアニメーション作成ソフトであり、3Dモデルの作成などはできません。 MMDですでに3Dモデルアニメーションを作成済みの場合、プラグインを使用してUnityに読み込むことで、アニメーション付きでインポートすることができます。
ワークフローとしては
- 3DモデルをBlenderなどのソフトウェアで作成し、そこから PMX/PMD 形式のファイル（MMDで読み込める形式）に変換する。
- MMDでPMX/PMDを読み込み、アニメーションをつける
- Unityでインポートする
という形になります。アニメーションが不要の場合は、MMDをはさむ必要はありません。
