NavMeshObstacleを配置してもNavMeshAgentが回避せず突っ込んでしまう場合、Carveオプションをチェックします。
Carveとは英語で「切る、刻む」という意味で、シーンに焼き込んだ NavMesh を切って穴を開けるという意味で使っているようです。
NavMeshObstacleはモノを回避するのではなく、NavMeshに穴を開けて通れなくするという考え方なんですね。
また、Carve Only Stationary にチェックを入れると、モノが停止したときのみNavMeshの穴が再計算されるので、CPUにやさしいようです。
逆に動いているモノを回避させたいときはチェックを入れる必要があります。