バージョンアップがあったようなので5.5.1リリースノートを見てたら。
Allow using Xcode's manual signing workflow by specifying a provisioning profile in Player Settings.
ほほう、プロビジョニングプロファイルをPlayerSettingsから指定できるようになったっぽい?
*プロビジョニングプロファイルとは、iOSアプリを端末にインストールしたりAppStoreにアップロードするときに必要なファイルです。作り方がめんどくさい&概念がわかりにくいのダブルパンチで有名。プロビジョニング「ファイル」という息子がいるらしいが因果関係は不明。
PlayerSettingsの下のほうにありました。
Automatically Signにチェックを入れ、Automatic Signing Team IDにチームIDを入れれば、ビルドしたプロジェクトにプロファイルの設定がされています。
チームIDはデベロッパーアカウントにサインインし、MemberShipの以下の欄の文字列を使いましょう。
あとPreferencesからExternal Toolsを開くと、プロビジョニングプロファイルの指定ができます。