Blenderで3Dモデルを作成したり編集すると、プロジェクトデータ(拡張子 .blender のファイル)をそのままUnityにインポート でき、Unityのプロジェクトウインドウからダブルクリックすればそのまま Blender を起動できたりして便利です。
ただデフォルト設定だと、モデルを編集して保存すると自動でバックアップが同じ場所に作成されます。
バージョン管理はそもそもGitでやってるしファイル混乱するし邪魔、ってときは設定を変更します。
まずメニューから
編集 > プリファレンス
と開き
セーブ&ロード タブの バージョンを保存 の数字を 0 にするだけです。
あ、もう書くことなくなっちゃった。